As causas da deficiência intelectual (DI) são diversas e podem ocorrer antes, durante ou após o nascimento. Em muitos casos, a causa exata não é identificada, mas estima-se que ela resulte da interação entre fatores biológicos, genéticos, ambientais e sociais.
Causas pré-natais: Alterações genéticas e cromossômicas, malformações congênitas do cérebro, exposição a agentes teratogênicos e desnutrição materna grave;
Causas perinatais: Asfixia neonatal, prematuridade extrema e suas complicações, traumas obstétricos, icterícia grave e infecções neonatais;
Causas pós- natais: Infecções graves, traumatismo craniano grave, desnutrição crônica severa, privação psicossocial intensa, exposição a metais pesados, doenças metabólicas não tratadas e epilepsias de difícil controle.