A APAE de Xanxerê dispõe de uma estrutura física e funcional adequada às exigências dos atendimentos. Os espaços são planejados para garantir acessibilidade, segurança e conforto, promovendo a autonomia e o bem-estar dos assistidos.
A instituição conta com salas multifuncionais equipadas para atendimentos clínicos e pedagógicos, áreas específicas para oficinas terapêuticas e atividades educativas, além de ambientes adaptados para a prática de atividades físicas, culturais e de inclusão digital. Possui ainda uma área verde que favorece o desenvolvimento de habilidades práticas e funcionais.